天启二年(1622)六月，荷兰人第二次占领澎湖并构筑要塞，不断向明朝要胁通商，明朝举兵攻打，鏖战八个月仍胜负不分，在双方陆续展开的谈判中，明人已提议荷兰人退出澎湖迁往台湾来交换通商，据英国东印度公司档案1923年2月23日由Batavia寄呈董事会之信件称："中国使节向荷兰人提议：荷兰人如愿放弃澎湖群岛。而迁往台湾，则可准其通商；该公使亦曾向我方提议，如我方愿往台湾，亦可同样通商"，但荷兰人因已在澎湖辛苦打下根基，不肯退让，福建巡抚南居益乃上奏驱荷，於天启四年(1624)正月开始进攻澎湖，以兵船两百艘，拥众万人之势对付只有军舰十三艘，军队九百馀名的荷兰人却仍屡攻不下，鏖战八个月後，明朝因已支出军费十七万七千馀两，造成财政困难，而荷兰亦面临孤立无援的窘境，经和谈後，荷兰人撤至台湾，结束这场战役，中荷乃达成协议，以荷军撤出澎湖为条件，同意荷兰占领台湾岛。就明朝官员来说，澎湖是其领土，但没有意思到台湾岛的主权问题，所以怂恿荷兰占领台湾岛。
 
　　关於这段历史，不少学者慨叹明人的颟顸无知，让荷兰人拥有先占台湾的机会而不自知，但大都语焉不详，或略而不谈，当时荷兰人写的《巴达维亚城日记》及肯贝尔Campbell《荷兰人在福尔摩萨Formosa under the Dutch》，其中《巴城日记》的资料尤为可信。
 
　 《巴达维亚城日记》纪录当时由海寇李旦居中协调，达成退军的条件是：
 
　　(一) 荷兰从澎湖岛撤离
　　(二) 明朝对荷兰占领台湾不表异议
　　(三) 保障荷兰与中国通商
 
　　中国的文献虽然都只提到荷人撤军是南居益力战之功，但也留下默许荷军占领台湾的蜘丝马迹，顾祖禹【读史方舆记要】卷九十九提到“总兵俞咨皋者，用间移红夷於北港(台湾别名)，乃复得澎湖”说明双方约以荷兰如放弃澎湖，则明朝对其占领台湾不表异议。
 
　　此举反映出明人经长期闭关自守、实施海禁之後，不了解国际情势的转变，心目中仍只有澎湖，明初洪武帝实施海禁，裁撤澎湖巡检司，强迫澎湖居民迁往内地，与台湾联系的机会大为降低。明给事中何楷疏《春明梦馀录》的记载就反映了一般明朝官员的观念：“台湾在澎湖岛外，水路距漳、泉约两日夜?其地广衍高腴，可比一大县；中国版图所不载?”所以明朝统治阶层认为台湾既然不在版图之内，被荷兰人先占了也无关紧要。